Deuxième voyage : 25 septembre 1493 – 11 juin 1496
Dès son retour à Palos, Colomb prépare rapidement une nouvelle expédition beaucoup plus ambitieuse avec une flotte de 17 navires et environ 1 500 hommes dont 700 colons et 12 missionnaires, ainsi que des chevaux (les premiers importés sur le continent américains), des bêtes de somme et du bétail. Son objectif est de fonder une colonie sur Hispaniola et de retrouver les 39 hommes qu'il a laissés dans la Baie de la Navidad.
Il lève l'ancre pour ce nouveau voyage le 25 septembre 1493 de Cadix.
La première terre qu'il aperçoit, 21 jours après avoir quitté les îles Canaries est La Désirade qu'il baptise ainsi Desirada, tant la vue d'une terre fut désirée par l'équipage. Les autres îles ne sont pas loin.
Le dimanche 3 novembre 1493, une autre île est en vue, que Colomb nomme Maria Galanda (Marie-Galante), du nom du navire amiral.
Une troisième se présente à l'horizon, ce sera Dominica (la Dominique) puisqu'elle apparaît un dimanche matin, où il débarquera.
Le lendemain matin, 4 novembre, ils reprennent la mer vers une île plus grande dont ils avaient aperçu au loin les montagnes. Colomb décide alors de jeter l'ancre devant cette île afin d'accorder quelques jours de repos à ses hommes. C'est l'île de Caloucaera « Karukera » (nom donné par les Caraïbes) et qui fut rebaptisée « Santa Maria de Guadalupe de Estremadura » (c'est la Basse-Terre de la Guadeloupe), pour honorer une promesse (donner le nom de leur monastère à une île) faite à des religieux lors d'un pèlerinage, ou qu'il s'était faite à lui-même lors des tempêtes de son précédent retour.
Puis il repart vers le nord en direction d'Hispaniola. Il aperçoit ensuite une petite île qu'il baptise Montserrat en référence, selon les sources, soit au massif de Montserrat, une montagne voisine de Barcelone, soit à l'Abbaye de Montserrat située dans ce massif.
Le 11 novembre 1493, jour de la fête de saint Martin de Tours, la flotte aperçoit une île au large et la baptise du même nom, Saint-Martin, et aperçoit à l'horizon une autre petite île qu'il baptise du nom de son frère Bartolomeo, Saint-Barthélemy.
Le 2 janvier 1494, il fonde « La Isabela », première colonie permanente du Nouveau Monde (actuellement localisée près de la ville Domicaine de Puerto Plata), et passe les quatre mois suivants à organiser la première colonie espagnole du Nouveau Monde dont Bartolomeo a été nommé gouverneur, secondé par Giacomo, son troisième frère.
Le 2 février, il renvoie en Espagne douze bâtiments sous le commandement d'Antonio de Torres, à qui il confie un rapport destiné aux souverains catholiques, document qui a été conservé. Le 24 avril, Colomb décide de reprendre une activité d'exploration et il part avec trois navires, dont la Nina, explorer l'ouest pour, comme l'écrit Morison, « suivre la côte jusqu'au moment où il obtiendrait la preuve définitive du caractère continental de cette terre et, si possible, prendre contact avec le Grand Khan qui semblait toujours se dérober devant lui ».
Il suit la côte sud de Cuba. De là il part le 3 mai pour atteindre la côte nord de la Jamaïque. Il reprend le 14 l'exploration de la côte sud de Cuba et continue de faire voile vers l'ouest. À moins de cinquante milles du cap Corrientes, Colomb décide que Cuba est bien une péninsule du continent asiatique. Il ordonne à tous les hommes qui l'accompagnent de le certifier par écrit et de s'engager à ne jamais affirmer le contraire sous peine d'une amende de mille maravédis.
Le 13 juin, il s'engage sur la route du retour et en profite pour faire le tour de la Jamaïque. La navigation dans les cayes est difficile. Il revient à La Isabela le 29 septembre, malade et déprimé, premiers signes d'un dégradation de son état de santé, due en grande partie à l'arthrite.
À Hispaniola, selon l'expression de Denis Crouzet, « un immense désastre a débuté ». Les Espagnols pressurent les Indiens en leur imposant un tribut d'or et de coton. Ils sont nombreux à être réduits en esclavage. Les mauvais traitements, dont la torture, entraînent une très importante mortalité de la population. Les Indiens fuient et se réfugient dans les montagnes, abandonnant leurs activités agricoles, cédant au désespoir. Les rares insurrections sont matées avec la plus extrême férocité. Colomb déploie son énergie à « pacifier » l'île.
Colomb repart pour l'Espagne le 20 avril 1496. Il atteint Cadix le 11 juin.
Christophe Colomb, Histoire
