
Troisième voyage : 30 mai 1498 – fin octobre 1500
Il semble que ce soit à son retour du 2e voyage que Colomb ait décidé de se vêtir désormais de l'habit des frères Mineurs. Il souhaite organiser tout de suite un troisième voyage mais les Rois Catholiques sont occupés à contrer le royaume de France qui progresse en Italie, et ce n'est que le 23 avril 1497 qu'ils donnent les premières instructions pour préparer le prochain voyage. La préparation du voyage, affrètement des navires et enrôlement des équipages est longue et difficile.
Avant de partir, le 22 février 1498, Colomb établit, faveur des souverains, un majorat en faveur de son fils aîné Diego.
Le 30 mai 1498, les six navires commencent leur voyage dans l'Atlantique en passant la barre de Sanlúcar. Colomb souhaite découvrir des terres au sud des Antilles, c'est pourquoi il descend d'abord jusqu'aux îles du Cap-Vert pour ensuite mettre le cap à l'ouest. Avant cela, au moment où la flotte fait escale à La Gomera aux îles Canaries, trois navires, commandés par Harana, Carjaval et Giovanni Colomb, partent directement ravitailler les colons d'Hispaniola.
Territoires visités : Saint-Vincent, Grenade, Trinité, Margarita, Venezuela.
Le 31 août, Colomb arrive à Hispaniola. Cela fait deux ans et neuf mois qu'il avait quitté l'île. Il la retrouve en proie à des troubles sévères orchestrés par Francisco Roldan que son frère Bartolomè, capitaine général et président du Conseil des gouverneurs, a bien du mal à circonscrire. En août 1500, Francisco de Bobadilla, émissaire des rois, débarque sur l'île et fait jeter les trois frères Colomb au cachot avant de les renvoyer en Espagne. Fin octobre 1500, enchaîné dans la cale, il débarque à Cadix humilié et accusé