Les chats, dans la nature, choisissent un coin de terre meuble pour y laisser leurs déjections. Ils les recouvrent ensuite de terre, en grattant cette dernière avec leurs pattes avant. L'odeur des selles déclenche le recouvrement ; cela permettait à l'état sauvage de ne pas faire repérer leurs odeurs par les prédateurs et de diminuer les risques d'infections parasitaires. Elle est donc quasiment instinctive, et est inculquée très tôt par la mère aux chatons.
Le chat défèque une à deux fois par jour et urine jusqu'à cinq fois par jour. Il ne faut pas confondre le marquage urinaire, c'est-à-dire l'opération de marquage du territoire, et la miction, où le chat « se soulage » : dans le premier cas, le chat est debout, la queue levée et dos à l'élément qu'il compte marquer, dans le second cas, il adopte une position analogue à celle de la défécation. La défécation enfouie ne constitue probablement pas un signe du marquage du territoire chez le chat, au contraire des déjections situées bien en vue sur des lieux de passage des chats (en hauteur, par exemple sur une souche).
Avec le vieillissement de l'animal, le volume d'urine peut croître à cause de fréquents problèmes bénins d'hyperthyroïdie.
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