Après une traversée du désert de plusieurs années, l'obtention en 1996 du César de la meilleure actrice dans un second rôle, pour Les Misérables, de Claude Lelouch, lui permet de « retrouver sa place ». Lors de la remise de son César à la 21e cérémonie, les larmes aux yeux, elle provoque l'émotion avec ces paroles : « Je ne sais pas si j'ai manqué au cinéma français, mais à moi, le cinéma français a manqué follement... éperdument... douloureusement. Et votre témoignage, votre amour, me font penser que peut-être, je dis bien peut-être, je ne suis pas encore tout à fait morte. ». L'année suivante, elle est la présidente de la 22e cérémonie.

En 2002, elle remporte à nouveau le César de la meilleure actrice dans un second rôle, pour son interprétation de la mère castratrice d'Isabelle Huppert (qui avait déjà joué sa fille dans Docteur Françoise Gailland) dans La Pianiste de Michael Haneke. Michael Haneke fera de nouveau appel à elle en 2005 pour incarner la mère de Daniel Auteuil dans Caché.
La fin des années 2000 sera marquée par de petits rôles dans quelques films (Le Temps des porte-plumes avec Jean-Paul Rouve, Boxes avec Jane Birkin).

Le 20 septembre 2006, on apprend par son avocat Me Emmanuel Asmar, chargé de ses intérêts, qu'Annie Girardot est atteinte de la maladie d'Alzheimer, ce que confirme l'édition du 21 septembre de l'hebdomadaire Paris Match, dans lequel la fille, Giulia Salvatori, et la petite-fille de l'actrice, Lola Vogel, révèlent sa maladie.

Malgré cela, la comédienne continue à jouer au théâtre : de 2001 à 2003, elle reprend la pièce Madame Marguerite à Paris et en tournée, et, pour pallier les éventuels trous de mémoire, elle est équipée d'une oreillette destinée à lui souffler son texte. C'est avec ce même procédé qu'elle continuera à participer au tournage de plusieurs films comme Je préfère qu'on reste amis... (2005), où elle interprète - ironie du sort - une femme atteinte de la maladie d'Alzheimer. Les rôles sont plus courts et adaptés (peu de scènes physiques), mais les réalisateurs sont conciliants. La comédienne « revit » lorsqu'elle est sur un plateau de tournage et, le temps d'une scène, la maladie s'efface.

En 2007, sa fille Giulia Salvatori publie, avec le journaliste Jean-Michel Caradec'h, une biographie intitulée La Mémoire de ma mère (éditions Michel Lafon), où elle consigne les souvenirs de sa mère.
À partir de 2008, Annie Girardot vit dans une maison médicalisée de Paris. Le 21 septembre 2008, TF1 diffuse Annie Girardot, ainsi va la vie, un film documentaire de Nicolas Baulieu filmant huit mois de sa vie, avec Claire Keim en voix off. On y découvre sa vision du passé et les effets de la maladie.
Aux-petits-bonheurs, Posté le jeudi 02 mai 2013 13:16
très belle jusqu'à la fin