
Depuis 2004, elle partage la vie de l'acteur Brian Austin Green, rencontré sur le tournage de la série télévisée La Star de la famille (alors qu'elle avait 18 ans et qu'il en avait 3028). En 2006, ils annoncent leurs fiançailles mais se séparent en février 2009. En avril 2009, Megan et Brian se sont remis ensemble et se sont fiancés en juin 2010 puis ils se sont mariés le 24 juin 2010. Suite à son mariage avec Brian, Megan a un beau-fils prénommé Kassius (né le 30 mars 2002) de la précédente union de Brian avec Vanessa Marcil. Le 27 septembre 2012, Megan a donné naissance à son premier enfant, prénommé Noah Shannon Green35. En août 2013, il est annoncé qu'elle est enceinte de son deuxième enfant

En septembre 2008, Megan indique être bisexuelle dans une interview pour le magazine GQ. Elle déclare qu'à l'âge de 18 ans, elle est tombée amoureuse d'une strip-teaseuse. Selon elle : « tous les êtres humains naissent avec la capacité d'être attirés par les deux sexes », elle a également manifesté son attirance pour l'actrice Olivia Wilde

Megan révèle également qu'elle n'est pas très sociable : « Vous n'allez pas croire ceci, mais je ne sors jamais. Je n'aime pas boire de l'alcool. Je reste chez moi et je joue sur mon ordinateur. De temps en temps, je vais chez Color Me Mine pour faire de la poterie. »

Plus tard, elle déclare : « Je pourrais passer des journées et des semaines sans parler à qui que ce soit. » Elle ajoute ensuite : « Je n'ai jamais été très sociable, je préférais rester à la maison. Je n'ai jamais été en boîte ou à une fête, même pendant mon adolescence ou à 20 ans. » Elle révèle également qu'elle n'a eu que deux hommes dans sa vie : « Mon amour de jeunesse et, Brian. Je ne pourrais jamais coucher avec quelqu'un que je n'aime pas. Cette idée me rend malade. Je n'ai jamais été partante pour une aventure d'un soir. »
Megan s'est aussi exprimée plus amplement sur ses failles psychologiques. Elle a été diagnostiquée ayant un trouble obsessionnel compulsif (TOC) et un trouble déficitaire de l'attention avec hyperactivité (TDAH) depuis son enfance.